Viện Khoa học hàng không (KHHK) - tên giao dịch quốc tế Vietnam Aviation Institute (viết tắt VAI) được thành lập ngày 10/01/1990 theo Quyết định số 28-TCHK của Tổng cục trưởng Tổng cục Hàng không dân dụng Việt Nam trên cơ sở Phòng Quản lý khoa học kỹ thuật - Vụ Kế hoạch -Tổng cục HKDD Việt Nam. Trong giai đoạn từ 1990 - 1995 Viện là cơ quan sự nghiệp hành chính trực thuộc Tổng cục Hàng không dân dụng Việt Nam (HKDDVN). Từ năm 1996 đến nay, theo Nghị định số 04-CP ngày 21/01/1996 của Chính phủ và Quyết định số 782/TTg ngày 24/10/1996 của Thủ tướng Chính phủ, Viện là đơn vị sự nghiệp khoa học trực thuộc Tổng công ty HKVN, có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng theo quy định của pháp luật, hoạt động theo Qui chế tổ chức và hoạt động ban hành kèm theo Quyết định số 1349/TCT HKVN ngày 13/07/1997 của Hội đồng Quản trị Tổng công ty HKVN. Từ năm 2007 đến nay, Viện là đơn vị hoạt động theo cơ chế tài chính như đơn vị phụ thuộc của Tổng công ty.

        Hiện nay, cơ cấu tổ chức của Viện bao gồm 03 phòng chức năng (Văn phòng - Đối ngoại; Phòng Tài chính - Kế toán; Phòng Kế hoạch) và 04 Trung tâm (Trung tâm Nghiên cứu - ứng dụng KHCN; Trung tâm Thông tin-tư vấn KHCN; Trung tâm Dịch vụ KHCN; Trung tâm Đào tạo): Đội ngũ chất xám của Viện ngày càng được nâng cao về chất lượng, bao gồm các TS, thạc sĩ, kỹ sư, cử nhân sáng tạo trong nghiên cứu khoa học và say mê nghề nghiệp.